悠遊卡加值在台灣的手續費，多數情況為免收。於實體通路如7-Eleven、全家等便利商店及自動加值機加值，通常不收手續費，方便又快速。若以信用卡或線上轉帳加值，費用視發卡銀行與通路而定，可能有小額手續費。為節省支出，建議以現金於實體通路加值，並事先查詢各通路的費率說明。